Манкоцеб сам по себе фунгицидной активностью не обладает, но при растворении в воде образует этилен бисизотиоцианат сульфид, под действием ультрафиолета преобразующийся в этилен бисизотиоцианат. Оба вещества воздействуют на ферментные системы грибов, которые содержат сульфгидрильные группы. Они нарушают около шести важных биохимических процессов в митохондриях и цитоплазме грибных клеток. Прежде всего, это касается ферментов энергетического обмена клетки, участвующих в синтезе АТФ. В итоге созревание спор тормозится, распространение грибной инфекции сильно ослабляется. Манкоцеб ингибирует метаболизм в клетках грибов, но не подавляет биосинтез цитрата в спорах.

Манкоцеб может быть использован как эффективный заменитель бордосской жидкости. На основе манкоцеба разрешены к применению против болезней картофеля, томата открытого грунта (фитофтороз, альтернариоз), винограда (милдью);